Margrethe Estrids pillegrav, i nordøstre korpille under kalkmaleriet, indeholder ifølge kalkmaleriets indskrift levningerne af "Margareta qve et Estrith dicitur, danoru(m) Regina" ("Margareta, som ogsaa kaldes Estrid, Danernes Dronning").
Da Dronning Margrete Estrid (hustru til Kong Harald Hen,1041-1080) døde, blev hun begravet i frådstenskirken og knoglerne blev efterfølgende indmuret i en af den nye domkirkes centrale piller. Hun anses som en af kirkens stiftere på linje med de tre andre: Harald Blåtand, Svend Estridsen og Biskop Vilhelm. Årsagen er nok, at hun skænkede Roskilde Domkirke store besiddelser i Skåne. Som tak for dette blev der hvert år afholdt en messe på hendes dødsdag, den 9. maj, i kirken ved højaltret ud for hendes grav.
Man troede i mange år, at graven indeholdt resterne af Svend Estridsens mor, Estrid eller evt. kong Niels‘ dronning, Margrete Fredkulla. Ved de anatomiske undersøgelser i 1911 fandt man, at den gravlagte kvinde havde meget velbevarede tænder, hvilket ikke stemmer så godt med, at hun skulle være Svend Estridsens mor, som døde i 60 års alderen. I 2003 undersøgte man mitokondrie-dna fra tænderne af hhv. Svend og Estrid og fandt, at de ikke tilhørte samme undergruppe, således at mor-søn slægtskabet kunne udelukkes.
